ابزار کاربر

ابزار سایت


درس:۴۰۵۷۱.۱

زیست‌شناسی تکاملی محاسباتی

Computational Evolutionary Biology

شماره درس: ۴۰۵۷۱.۱ تعداد واحد: ۳
مقطع: کارشناسی ارشد نوع درس: نظری
پیش‌نیاز: – هم‌نیاز: –

اهداف درس

هدف از اين درس، مفاهیم مرتبط با بیولوژی تکاملی شامل ژنتیک جمعیتی و فیلوژنتیک می‌باشد. این مفاهیم از دیدگاه محاسباتی مورد بررسی قرار گرفته و روش‌های محاسباتی متداول برای برخی از مسائل عمده در این حوزه نیز معرفی و تمرین می‌شود.

ریز مواد

  1. مقدمه و مقدمات ریاضی
  2. فواصل تکاملی و مدلهای جابجایی نوکلئوتید، آمینه اسید و کدون
  3. بازسازی درختهای فیلوژنی-روشهای مبتنی بر فاصله
  4. بازسازی درخت‌های فیلوژنی-روش‌های پارسیمونی
  5. بازسازی درخت‌های فیلوژنی-روش‌های ML
  6. معرفی آماری بیزی؛ بازسازی درخت‌های فیلوژنی-روش‌های بیزی
  7. معرفی ابزار BEAST2
  8. نظریه coalescence
  9. structured coalescence
  10. phylogeography
  11. بررسی مدل‌های compartmental گسترش بیماری‌ها (deterministic و stochastic)
  12. بررسی روش‌های phylodynamics
  13. ساعت مولکولی و تخمین زمان‌های واگرایی
  14. مقایسه phenotypic traits و روش Brownian motion
  15. بازسازی درخت‌های transmission
  16. فیلوژنی تومورها
  17. تکاملی غیردرختی
  18. مطالبی از evolutionary dynamics

مراجع

  1. Ziheng Yang, Molecular Evolution: A Statistical Approach, Oxford University Press, 2014
  2. Ziheng Yang, Computational Molecular Evolution, Oxford University Press, 2006
  3. Husmeier, Dirk, Richard Dybowski, and Stephen Roberts, eds. Probabilistic modeling in bioinformatics and medical informatics. Springer Science & Business Media, 2006.
  4. Nowak, Martin A. Evolutionary dynamics: exploring the equations of life. Harvard university press, 2006.
درس/۴۰۵۷۱.۱.txt · آخرین ویرایش: 2021/06/29 14:20 توسط محمد حسین رهبان