ژنومیک محاسباتی

Computational Genomics

شماره درس: ۴۰۵۵۲ تعداد واحد: ۳
مقطع: کارشناسی ارشد نوع درس: نظری
پیش‌نیاز: مقدمه‌ای بر بیوانفورماتیک هم‌نیاز: –

اهداف درس

هدف از این درس، آشنایی دانشجویان با محتوای ژنوم موجودات و نحوه عملکرد آن‌ها می‌باشد. یادگیری مفاهیم ابتدایی تکامل و همچنین پیدا کردن اشتراکهای مهم بین موجودات از جمله مواردی می‌باشند که در این درس بدانها پرداخته می‌گردد. نحوه استخراج و تحلیل دادگان نیز به دانشجویان آموزش داده‌ می‌شود. یافتن عوامل تفاوت میان افراد یک گونه و ارتباط میان بیماریها و ژنوم مورد بررسی قرار می‌گیرد.

ریز مواد

  1. مدلهای تکاملی رشته‌های زیستی
    • آشنایی با فرآیندهای مارکوف برگشت پذیر در زمان
    • آشنایی با مدلهای تکاملی
    • محاسبه بیشینه احتمال برای رشته‌های زیستی
  2. ساخت درخت فیلوژنی
    • روشهای مبتنی بر فاصله
    • روشهای مبتنی بر رشته (روش Parsimony و روش بیشینه احتمال)
    • ارزیابی درختهای فیلوژنی
  3. همردیفی‌های چندگانه
    • روشهای امتیاز دهی
    • روش center-star
    • روش Lifted-tree
    • روشهای پیشرونده
  4. ژنتیک جمعیت
    • مدل Wright-Fisher
    • مدل Coalescent
    • مدلهای جهش (بینهایت آلل، بینهایت مکان، مکان محدود)
    • مدل Coalescent به همراه جهش
    • تخمین پارامترها و درخت
    • مدل درخت جمعیتی با فرآیند نوترکیب
    • تحلیل Linkage Disequilibrium
  5. مقایسه ژنوم در سطح موجودات
  6. مطالعه در گستره ژنوم GWAS

مراجع

  1. Notes from previous thought courses
  2. Gusfield, Dan. Algorithms on strings, trees and sequences: computer science and computational biology. Cambridge University Press, 1997.
  3. Durbin, Richard, ed. Biological sequence analysis: probabilistic models of proteins and nucleic acids. Cambridge university press, 1998.
  4. Durrett, Richard. Probability models for DNA sequence evolution. Springer, 2008.
  5. Hein, Jotun, Mikkel Schierup, and Carsten Wiuf. Gene genealogies, variation and evolution: a primer in coalescent theory. Oxford university press, 2004.