ژنومیک محاسباتی
Computational Genomics
| شماره درس: ۴۰۵۵۲ | تعداد واحد: ۳ |
| مقطع: کارشناسی ارشد | نوع درس: نظری |
| پیش‌نیاز: مقدمه‌ای بر بیوانفورماتیک | هم‌نیاز: – |
اهداف درس
هدف از این درس، آشنایی دانشجویان با محتوای ژنوم موجودات و نحوه عملکرد آن‌ها می‌باشد. یادگیری مفاهیم ابتدایی تکامل و همچنین پیدا کردن اشتراکهای مهم بین موجودات از جمله مواردی می‌باشند که در این درس بدانها پرداخته می‌گردد. نحوه استخراج و تحلیل دادگان نیز به دانشجویان آموزش داده می‌شود. یافتن عوامل تفاوت میان افراد یک گونه و ارتباط میان بیماریها و ژنوم مورد بررسی قرار می‌گیرد.
ریز مواد
- مدلهای تکاملی رشته‌های زیستی
- آشنایی با فرآیندهای مارکوف برگشت پذیر در زمان
- آشنایی با مدلهای تکاملی
- محاسبه بیشینه احتمال برای رشته‌های زیستی
- ساخت درخت فیلوژنی
- روشهای مبتنی بر فاصله
- روشهای مبتنی بر رشته (روش Parsimony و روش بیشینه احتمال)
- ارزیابی درختهای فیلوژنی
- همردیفی‌های چندگانه
- روشهای امتیاز دهی
- روش center-star
- روش Lifted-tree
- روشهای پیشرونده
- ژنتیک جمعیت
- مدل Wright-Fisher
- مدل Coalescent
- مدلهای جهش (بینهایت آلل، بینهایت مکان، مکان محدود)
- مدل Coalescent به همراه جهش
- تخمین پارامترها و درخت
- مدل درخت جمعیتی با فرآیند نوترکیب
- تحلیل Linkage Disequilibrium
- مقایسه ژنوم در سطح موجودات
- مطالعه در گستره ژنوم GWAS
مراجع
- Notes from previous thought courses
- Gusfield, Dan. Algorithms on strings, trees and sequences: computer science and computational biology. Cambridge University Press, 1997.
- Durbin, Richard, ed. Biological sequence analysis: probabilistic models of proteins and nucleic acids. Cambridge university press, 1998.
- Durrett, Richard. Probability models for DNA sequence evolution. Springer, 2008.
- Hein, Jotun, Mikkel Schierup, and Carsten Wiuf. Gene genealogies, variation and evolution: a primer in coalescent theory. Oxford university press, 2004.