زیست‌شناسی تکاملی محاسباتی
Computational Evolutionary Biology
| شماره درس: ۴۰۵۷۱.۱ | تعداد واحد: ۳ |
| مقطع: کارشناسی ارشد | نوع درس: نظری |
| پیش‌نیاز: – | هم‌نیاز: – |
اهداف درس
هدف از این درس، مفاهیم مرتبط با بیولوژی تکاملی شامل ژنتیک جمعیتی و فیلوژنتیک می‌باشد. این مفاهیم از دیدگاه محاسباتی مورد بررسی قرار گرفته و روشهای محاسباتی متداول برای برخی از مسائل عمده در این حوزه نیز معرفی و تمرین می‌شود.
ریز مواد
- مقدمه و مقدمات ریاضی
- فواصل تکاملی و مدل‌های جابجایی نوکلئوتید، آمینه اسید و کدون
- بازسازی درختهای فیلوژنی-روشهای مبتنی بر فاصله
- بازسازی درختهای فیلوژنی-روشهای پارسیمونی
- بازسازی درختهای فیلوژنی-روشهای ML
- معرفی آماری بیزی؛ بازسازی درختهای فیلوژنی-روشهای بیزی
- معرفی ابزار BEAST2
- نظریه coalescence
- structured coalescence
- phylogeography
- بررسی مدل‌های compartmental گسترش بیماری‌ها (deterministic و stochastic)
- بررسی روشهای phylodynamics
- ساعت مولکولی و تخمین زمان‌های واگرایی
- مقایسه phenotypic traits و روش Brownian motion
- بازسازی درختهای transmission
- فیلوژنی تومورها
- تکاملی غیردرختی
- مطالبی از evolutionary dynamics
مراجع
- Ziheng Yang, Molecular Evolution: A Statistical Approach, Oxford University Press, 2014.
- Ziheng Yang, Computational Molecular Evolution, Oxford University Press, 2006.
- Husmeier, Dirk, Richard Dybowski, and Stephen Roberts, eds. Probabilistic modeling in bioinformatics and medical informatics. Springer Science & Business Media, 2006.
- Nowak, Martin A. Evolutionary dynamics: exploring the equations of life. Harvard university press, 2006.