You are not allowed to perform this action

تحلیل داده‌های حجیم زیستی

Massive Biological Data Analysis

شماره درس: ۴۰۵۵۵ تعداد واحد: ۳
مقطع: کارشناسی ارشد نوع درس: نظری
پیش‌نیاز: – هم‌نیاز: –

اهداف درس

هدف از این درس، آشنایی دانش‌جویان با الگوریتم‌های موجود برای تحلیل داده‌های حجیم زیستی است. این موارد شامل آماده‌سازی کتابخانه، توالی‌یابی‌های دنا و رنا، تحلیل برهم‌کنش دنا و پروتئین و روش‌های تک‌سلولی است.

ریز مواد

  1. آماده‌سازی کتابخانه
    • تکنیک‌های موجود
    • محاسبه پیچیدگی کتابخانه
  2. توالی‌یابی دنا
    • برهم نهی تمام ژنوم
    • برهم نهی تمام اگزون
    • phase کردن
  3. توالی‌یابی رنا
    • نرمالیزه کردن بیان
    • یافتن ژن‌های تفریقی
    • یافتن شبکه‌های تنظیمی بیان ژن
  4. تحلیل برهم کنش دنا و پروتئین
    • روشهای نرمالیزه کردن داده
    • ChIP-Seq
    • ATAC-Seq
    • یافتن متیف‌ها
  5. روش‌های تک‌سلولی
    • نرمالیزه کردن داده‌های تک‌سلولی
    • دسته‌بندی داده‌های تک‌سلولی
    • پر کردن داده‌های تک‌سلولی
    • استنتاج از داده‌های تک‌سلولی

مراجع

  1. Ye, Shui Qing, ed. Big data analysis for bioinformatics and biomedical discoveries. CRC Press, 2016.