پایگاه دادههای بیوانفورماتیک
Bioinformatics Database Systems
شماره درس: ۴۰۵۷۱.۳ | تعداد واحد: ۳ |
مقطع: کارشناسی ارشد | نوع درس: نظری |
پیشنیاز: – | همنیاز: – |
اهداف درس
توالی ژنوم انسانی و علاقه فراوان در تحلیل پروتئینها و ساختار مولکولی باعث ایجاد نیاز به پایگاه دادههای زیستی شده است. در این درس مروری از دسته وسیعی از پایگاه دادههای زیستی به عمل آمده و قابلیت دانشجویان در استفاده از آنها ایجاد خواهد شد. پایگاه دادههایی که معرفی خواهند شد عبارتند از پایگاه دادههای ژنوم همانند GeneBank و Ensemble، همچنین پایگاه دادههای پروتئین همانند PDB و SWISS-PORT خواهد بود. ابزار دسترسی به پایگاه دادهها همچنین ابزار پیدا نمودن ژنها در این درس پوشش داده میشود. پایگاه دادههای تخصصی مرور شده و طراحی و کاربردهای آن نیز بحث میشود.
ریز مواد
- مقدمهای بر پایگاه دادههای زیستی
- آشنایی با داده پایگاههای توالی و ساختار نظیر Jaspar, String, Uniprot, PDB, EMBL, NCBI, …
- دسترسی مستقیم و واکشی و پردازش اطلاعات از داده پایگاههای بیوانفورماتیک
- تولید یک داده پایگاه بیوانفورماتیک
- اتصال داده پایگاه بیوانفورماتیک با سرویسهای تحت وب
- استانداردهای ذخیرهسازی و تبادل اطلاعات بین داده پایگاههای بیوانفورماتیک
- داده پایگاههای اطلاعات بیمارستانی
- انجام پروژه عملی
مراجع
- Jason T.L., Wang and Katherine, G. Herbert, Bioinformatics Database Systems, CRC Press, 2013.
- J. Y. Chen and A. S. Sidhu, Biological Database Modeling, Artech House, 2007.
- D. Higgins and W. Taylor, Bioinformatics: Sequence, Structure, and Databanks: A Practical Approach, Oxford University Press, 2000.
- S. Letovsky, Bioinformatics: Database and Systems, Kluwer Academic Press, 1999.
- H. Garcia-Molina, J.D. Ullman and J.D. Widom, Database Systems: The Complete Book, Prentice Hall, 2001.